Nghiên cứu khoa học (NCKH) là một trong ba nhiệm vụ chính của Bệnh viện, giúp duy trì và nâng cao chất lượng đào tạo cũng như chất lượng khám chữa bệnh. Hoạt động NCKH được Ban Giám đốc Bệnh viện chú trọng phát triển và đưa vào nhiệm vụ bắt buộc đối với mỗi nhân viên y tế đang công tác tại Bệnh viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh.

Bệnh viện có chính sách hỗ trợ kinh phí cho viên chức đang công tác tại Bệnh viện khi tham gia các hoạt động NCKH: