Bệnh viện Đại học Y Dược TPHCM có 3 cơ sở, trụ sở chính tại 215 Hồng Bàng, P.11, Q.5. Từ năm 2013, Bệnh viện đưa vào hoạt động tòa nhà 17 tầng đã mở rộng khả năng đáp ứng số lượng người bệnh đến khám ngoại trú và điều trị nội trú tại Bệnh viện. Đây là tòa nhà thiết kế theo tiêu chuẩn bệnh viện quốc tế, đem đến môi trường khám chữa bệnh tiện nghi, xanh – sạch – đẹp, an ninh giúp người bệnh và gia đình cảm thấy thoải mái hơn khi vào Bệnh viện.